Unia europejska to nie tylko współpraca transnarodowa, ale również współpraca między graniczącymi między sobą obszarami należącymi do więcej niż jednego państwa. Np. współpraca na styku niemieckich, czeskich i polskich województw, oraz ich odpowiedników za granicą. Program europejskiej współpracy terytorialnej został wyodrębniony z polityki spójności unii europejskiej co nadało mu bardziej priorytetowego charakteru. Będzie on współpracować z innym programem, mianowicie z europejskim instrumentem sąsiedztwa i partnerstwa. Część programu tyczy się również współpracy z państwami ościennymi unii europejskiej w ramach zwiększenie jakości przepływu granicznego i zwiększenia jego bezpieczeństwa na zewnętrznych granicach unii. Wszystko z uwagi na układ z Schengen umożliwiającymi swobodny przepływ osób w obrębie unii. Istotą europejskiej współpracy terytorialnej jest spojrzenie na unię bardziej jako na federację niż związek państw uczestników. Oczywiście w adekwatnym do tego zakresie. Jeśli na przykład jakiś istotny i bardzo wartościowy region unii leży na obszarze więcej niż jednego państwa, to pewne działania na przykład dotyczące ochrony środowiska, lub budowy infrastruktury będą mogły być lepiej i sprawniej zrealizowane na poziomie trzech odpowiedników województw unii każdego z innego państwa, niż przez każde województwo oddzielnie przy użyciu ich władz centralnych. Dzięki takim ponadnarodowym działaniom między odpowiednikami województw, pewne cele będą osiągane w szerszej perspektywie, wykraczającej poza spojrzenie ograniczone granicami narodowymi.